COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 13.482796 13.482796 15.606044
2021-04-20 17:00:00 12.713488 15.612240 15.630770
2021-04-19 17:00:00 17.300673 17.300673 15.871009
2021-04-18 17:00:00 15.612240 15.612240 16.065208
2021-04-17 17:00:00 15.120809 15.120809 16.210379
2021-04-16 17:00:00 15.695637 15.695637 16.374435
2021-04-15 17:00:00 16.880818 16.880818 16.472625

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 9.465738 9.465738 11.542096
2021-04-20 17:00:00 11.699931 11.699931 11.642062
2021-04-19 17:00:00 17.604356 6.160686 11.458043
2021-04-18 17:00:00 15.375447 15.375447 11.768763
2021-04-17 17:00:00 11.849901 11.849901 12.045584
2021-04-16 17:00:00 12.899263 12.899263 12.535338
2021-04-15 17:00:00 13.755598 13.755598 12.850722

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 16.398104 16.398104 22.264236
2021-04-20 17:00:00 18.527919 18.527919 22.789615
2021-04-19 17:00:00 20.796460 23.235686 22.556323
2021-04-18 17:00:00 25.978648 25.978648 23.258272
2021-04-17 17:00:00 24.215247 24.215247 23.566245
2021-04-16 17:00:00 16.923077 23.687752 23.960377
2021-04-15 17:00:00 27.468354 27.468354 24.345973

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 12.170543 14.450069 14.857154
2021-04-20 17:00:00 14.267597 14.267597 14.963087
2021-04-19 17:00:00 10.236220 14.465409 15.451425
2021-04-18 17:00:00 14.858841 14.858841 15.903278
2021-04-17 17:00:00 13.841642 13.841642 16.109036
2021-04-16 17:00:00 15.019077 15.019077 16.269552
2021-04-15 17:00:00 18.082015 18.082015 16.546037

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 12.595420 12.595420 12.422212
2021-04-20 17:00:00 15.835671 15.835671 12.619601
2021-04-19 17:00:00 18.620882 8.940420 12.885612
2021-04-18 17:00:00 11.403273 11.403273 12.982451
2021-04-17 17:00:00 12.663830 12.663830 13.117792
2021-04-16 17:00:00 12.057081 12.057081 13.251363
2021-04-15 17:00:00 13.651710 13.651710 13.363800

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 17.495396 17.495396 30.472177
2021-04-20 17:00:00 30.069078 30.069078 30.682890
2021-04-19 17:00:00 43.871936 43.871936 31.287371
2021-04-18 17:00:00 36.375618 36.375618 31.834509
2021-04-17 17:00:00 28.271151 28.271151 32.714616
2021-04-16 17:00:00 41.062802 41.062802 33.621088
2021-04-15 17:00:00 38.461538 38.461538 33.676248

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 12.632085 12.632085 11.793976
2021-04-20 17:00:00 12.539611 12.539611 11.615202
2021-04-19 17:00:00 7.878788 37.045455 11.625873
2021-04-18 17:00:00 8.738632 8.738632 11.661906
2021-04-17 17:00:00 4.985526 4.985526 11.923686
2021-04-16 17:00:00 9.809810 9.809810 12.058542
2021-04-15 17:00:00 20.506912 20.506912 12.287739

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 6.348078 6.348078 6.241324
2021-04-20 17:00:00 4.873428 4.873428 6.306086
2021-04-19 17:00:00 13.331462 5.180641 6.314545
2021-04-18 17:00:00 7.677112 6.129664 6.459675
2021-04-17 17:00:00 7.494833 7.494833 6.557633
2021-04-16 17:00:00 7.830429 7.830429 6.630291
2021-04-15 17:00:00 6.985661 6.985661 6.651367

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 12.377850 12.377850 12.511486
2021-04-20 17:00:00 12.559140 12.559140 12.472026
2021-04-19 17:00:00 14.701601 8.840263 12.630836
2021-04-18 17:00:00 15.677966 11.384615 12.866215
2021-04-17 17:00:00 13.986928 13.986928 13.111650
2021-04-16 17:00:00 13.374741 13.374741 13.344490
2021-04-15 17:00:00 14.990792 14.990792 13.496820

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 14.016191 23.842039 23.214855
2021-04-20 17:00:00 12.128695 19.450268 23.935101
2021-04-19 17:00:00 12.798425 12.798425 24.425172
2021-04-18 17:00:00 24.613260 24.613260 24.825211
2021-04-17 17:00:00 28.326658 28.326658 25.428487
2021-04-16 17:00:00 28.556326 28.556326 26.037741
2021-04-15 17:00:00 28.024297 28.024297 26.452833

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 14.248990 14.248990 13.719654
2021-04-20 17:00:00 11.961451 11.961451 13.575944
2021-04-19 17:00:00 13.550940 13.550940 13.026812
2021-04-18 17:00:00 15.588070 15.588070 13.109768
2021-04-17 17:00:00 13.727858 13.727858 13.218073
2021-04-16 17:00:00 11.989702 11.989702 13.373838
2021-04-15 17:00:00 13.749473 13.749473 13.594548

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 4.567541 8.260105 6.676707
2021-04-20 17:00:00 1.162791 1.162791 6.571784
2021-04-19 17:00:00 2.953586 2.953586 6.674587
2021-04-18 17:00:00 6.682578 6.682578 6.662188
2021-04-17 17:00:00 6.483301 6.483301 6.840403
2021-04-16 17:00:00 8.713693 8.713693 6.912168
2021-04-15 17:00:00 8.368794 8.368794 6.766061

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 9.298532 4.445351 4.065248
2021-04-20 17:00:00 4.108584 4.108584 4.202085
2021-04-19 17:00:00 3.300330 0.814996 4.240516
2021-04-18 17:00:00 7.385698 7.385698 4.419815
2021-04-17 17:00:00 5.873606 5.873606 4.552032
2021-04-16 17:00:00 3.338762 3.338762 4.765669
2021-04-15 17:00:00 3.186275 3.186275 5.048911

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 50.420168 50.420168 33.015879
2021-04-20 17:00:00 28.145695 28.145695 33.897858
2021-04-19 17:00:00 16.455696 5.058366 34.186248
2021-04-18 17:00:00 38.461538 38.461538 34.878657
2021-04-17 17:00:00 29.931973 29.931973 35.454075
2021-04-16 17:00:00 43.150685 43.150685 36.635841
2021-04-15 17:00:00 42.391304 42.391304 38.391692

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 16.583158 16.583158 15.480295
2021-04-20 17:00:00 14.785992 14.785992 15.621542
2021-04-19 17:00:00 39.528193 11.002562 15.482557
2021-04-18 17:00:00 26.267926 12.138355 15.969072
2021-04-17 17:00:00 15.130313 15.130313 16.206425
2021-04-16 17:00:00 18.627755 18.627755 16.743963
2021-04-15 17:00:00 20.060308 20.060308 17.256014

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 38.955275 38.955275 36.219851
2021-04-20 17:00:00 33.752860 33.752860 36.986093
2021-04-19 17:00:00 16.030744 16.030744 37.041870
2021-04-18 17:00:00 38.633615 38.633615 37.257741
2021-04-17 17:00:00 46.564885 46.564885 38.018482
2021-04-16 17:00:00 39.119369 39.119369 38.228063
2021-04-15 17:00:00 46.489044 46.489044 39.093504

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 10.535466 10.535466 9.237204
2021-04-20 17:00:00 8.666453 8.666453 9.190154
2021-04-19 17:00:00 11.086351 9.477025 9.240795
2021-04-18 17:00:00 11.097060 11.097060 9.245760
2021-04-17 17:00:00 8.648649 8.648649 9.299159
2021-04-16 17:00:00 9.510795 9.510795 9.283371
2021-04-15 17:00:00 7.810750 7.810750 9.160451

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 13.426457 13.426457 12.581830
2021-04-20 17:00:00 12.440399 12.440399 12.624101
2021-04-19 17:00:00 15.926819 11.364096 12.729443
2021-04-18 17:00:00 11.068944 11.068944 12.880822
2021-04-17 17:00:00 12.284015 12.284015 12.996039
2021-04-16 17:00:00 13.280341 13.280341 13.123857
2021-04-15 17:00:00 14.256219 14.256219 13.199764

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 11.457951 11.457951 12.128766
2021-04-20 17:00:00 9.274194 9.274194 12.242068
2021-04-19 17:00:00 18.681851 9.733619 12.161849
2021-04-18 17:00:00 14.499773 14.499773 12.358714
2021-04-17 17:00:00 13.050386 13.050386 12.466915
2021-04-16 17:00:00 13.955846 13.955846 12.622814
2021-04-15 17:00:00 13.238200 13.238200 12.674338

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 14.304636 14.304636 15.364168
2021-04-20 17:00:00 11.805556 11.805556 15.347145
2021-04-19 17:00:00 9.333333 15.546218 15.533753
2021-04-18 17:00:00 18.677686 18.677686 15.924426
2021-04-17 17:00:00 13.043478 13.043478 16.273671
2021-04-16 17:00:00 20.121029 20.121029 16.925913
2021-04-15 17:00:00 15.466667 15.466667 17.482966

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 34.328358 34.328358 28.637387
2021-04-20 17:00:00 14.893617 14.893617 28.233898
2021-04-19 17:00:00 75.280899 75.280899 28.790434
2021-04-18 17:00:00 16.384181 16.384181 28.708849
2021-04-17 17:00:00 23.750000 23.750000 29.205214
2021-04-16 17:00:00 22.727273 22.727273 29.261641
2021-04-15 17:00:00 35.576923 35.576923 28.806735

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-04-21 17:00:00 31.913652 31.913652 22.746337
2021-04-20 17:00:00 20.685053 20.685053 22.804638
2021-04-19 17:00:00 21.971706 13.144671 22.842031
2021-04-18 17:00:00 22.743574 22.743574 23.010785
2021-04-17 17:00:00 24.371273 24.371273 22.994915
2021-04-16 17:00:00 22.414646 22.414646 23.440457
2021-04-15 17:00:00 24.954002 24.954002 23.627046

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 9.465738 9.465738 11.542096
Basilicata 16.398104 16.398104 22.264236
Calabria 12.170543 14.450069 14.857154
Campania 12.595420 12.595420 12.422212
Emilia-Romagna 17.495396 17.495396 30.472177
Friuli Venezia Giulia 12.632085 12.632085 11.793976
Lazio 6.348078 6.348078 6.241324
Liguria 12.377850 12.377850 12.511486
Lombardia 14.016191 23.842039 23.214855
Marche 14.248990 14.248990 13.719654
Molise 4.567541 8.260105 6.676707
P.A. Bolzano 9.298532 4.445351 4.065248
P.A. Trento 50.420168 50.420168 33.015879
Piemonte 16.583158 16.583158 15.480295
Puglia 38.955275 38.955275 36.219851
Sardegna 10.535466 10.535466 9.237204
Sicilia 13.426457 13.426457 12.581830
Toscana 11.457951 11.457951 12.128766
Umbria 14.304636 14.304636 15.364168
Valle d'Aosta 34.328358 34.328358 28.637387
Veneto 31.913652 31.913652 22.746337

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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